Margreid wird ersturkundlich im Jahr 1181 als „Magretum“ erwähnt. Der Name „Margreid“ in seiner modernen Form ist erstmals 1409 bezeugt.

Im Jahr 1612 wurde der Pfarrsitz von St. Florian, der jenseits der Etsch lag (heute Gemeinde Neumarkt), nach Margreid verlegt. 1774 wurde unter Leitung von Ing. v. Zallinger der Talboden entsumpft und fruchtbar gemacht. 1779 wurden Margreid und Kurtatsch gerichtlich mit Tramin vereinigt und den Grafen Zenobio zu Lehen gegeben. Die Schutzpatronin von Margreid ist die Hl. Gertraud, dementsprechend fällt der Kirchweihtag auf den 17. März.

Margreid gehörte bis 1913 zum Gerichtsbezirk Kaltern und wurde mit 1. Jänner 1914 dem Gerichtsbezirk Neumarkt in Tirol zugeschlagen. Diesem gehörte die Gemeinde bis zum Ende des Ersten Weltkriegs als Teil des Bezirks Bozen an.